1321年（元亨元年），诸岳寺当时的住持定賢梦见了越中国永光寺，醒来觉得这是佛祖感悟，于是就将诸岳寺让给了当时永光寺的住持、曹洞宗高僧瑩山紹瑾；而瑩山紹瑾则改建了诸岳寺，并以総持寺之名重新开山，并成为了曹洞宗在能登国的大本山，隐隐与越前永平寺分庭抗礼，并在此后漫长的岁月里一直与永平寺明争暗斗。1570年总持寺第一次遇火灾烧失，不过很快就有北陆一霸前田氏出资兴复，并在整个江户时代一直领着加贺藩的400石封地，比瑞龙寺还多100石。应该说，在整个江户时代，总持寺达到了自己的巅峰。

人无千日好花无百日红，这句话放到寺庙身上也一样。明治维新之后这里失去了加贺藩的庇佑，不过真正致命的打击还在后头。1898年一场大火彻底摧毁了这里；虽然1905年陆续完成了一些重建工作，可位于能登半岛深处这种不利的地理位置和周边远谈不上富庶的民众，已经无力重现古刹在江户时期的巅峰。以这场大火为标志，总持寺进入了衰落期，更多人建议以此为契机把总持寺迁到更适合发展的富庶之地。1911年，总持寺正式被迁至横滨鶴见，并带走了相传近600年的总持寺名号；而留在这里的一片废墟，以及从废墟中刚刚开始重建的一切，只能被冠以总持寺祖院的名号了。