慶応3年(1867年)6月,新選組將屯所從西本愿寺轉移到不動堂村,屯所的面積大約一萬平方米,是新選組在京都的最後一個,也是最大一個屯所。在不動堂村屯所駐紮期間,發生了大政奉還事件,以伊东甲子太郎為首的御陵衛士黨也被肅清(油小路事件)。此後,以薩長為中心的倒幕勢力發動了“王政復古”政變,新選組也轉移到伏见區,鳥羽伏见戰役就此展開。
如今屯所的建築已不復存在,只是在綠化帶中有紀念碑和介紹。地點位於JR京都站門口的塩小路通向堀川通方向上,京都丽嘉皇家酒店的門口,沿著天橋走下去就是不動堂村屯所遗迹的纪念碑。