博马里斯城堡位于当时威尔士重要的商业口岸和通往爱尔兰的交通要道上，是爱德华一世远征威尔士时期建造的最后一座城堡。虽然建造计划在1284年就提上日程，但由于资金和人力的缺乏直到1295年才开始动工。然而由于当时苏格兰地区的反抗日益激烈，威尔士地区逐渐不再成为皇室重点关注的对象，继而由于财政上的不堪重负使得博马里斯城堡于1330年在未完成的状态下被迫停工，并且再也没有复工重建过。

在1642年爆发的英国内战中，作为连接当时国王的爱尔兰大本营和其在英格兰行动的纽带，博马里斯城堡曾经一度成为战略要地。战争结束后，与被议会派蓄意损毁的许多城堡不同，为了抵御保皇派从苏格兰入侵的威胁，博马里斯城堡被作为军事据点保留了下来。

20世纪初期城堡曾被大规模翻修过，恢复了部分石砌的建筑并重新填挖了护城河。现在博马里斯城堡遗迹作为一处观光景点由威尔士遗迹保护机构Cadw管理维护。