清乾隆52年(1787)秋，皇帝派陕甘总督「福康安」率兵万人渡海来台从鹿港登陆，经过数月的征战，终於平定「林爽文之乱」。福康安以大军渡海时，得到妈祖的庇佑，因此於清乾隆53年(1788)奏请朝廷在鹿港兴建天后宫，名為「敕建天后宫」。在此之前鹿港已有了「天后宫」，故又称为「新祖宫」。
新祖宫牌楼前右侧有一座「文武官员至此下马」碑，是仿造的作品，并非古迹，据说旧有的「下马碑」，毁於日治时代早已不见了。
庙中有乾隆五十三年「敕建天后宫碑记」、乾隆五十七年「天后宫田產碑记」、嘉庆十一年「重修庙宇碑记」及道光十四年「重修天后宫碑记」等四块碑石见证「敕建天后宫」的历史。比较特殊的是妈祖随侍两侧穿官服、着官鞋、戴官帽的千里眼及顺风耳神像，及其甚为好笑的表情。