在公元1434年，一次闪电击中该寺庙中的一座佛塔，发现其中藏有一尊玉佛。而“玉佛寺”之名，亦由于在该寺庙中发现玉佛而得名。玉佛被发现后，当时统治泰国北部的兰纳泰王国国王 Sam Fang Kaen（1411年至1441年在位）希望将玉佛运往清迈供奉，但尝试三次不果，因为运送玉佛的大象每次都将玉佛运至南邦供奉，直至公元1468年终被安放在清迈切地兰寺供奉。在1552年玉佛被运到琅勃拉邦（当时㳕沧王国）的首都，再至1564年被当时的国王搬至万象。玉佛在老挝安座约200年后，在1779年泰国大将昭批耶卻克里（即后来曼谷王朝泰王拉玛一世）攻陷万象，将玉佛夺回其王国的首府 — 湄南河西侧的吞武里府。至1784年3月22日以隆重仪式将玉佛安置在曼谷的玉佛寺，至今已超过200多年。

在1991年泰国王室为了庆祝王太后90岁生日，依照原来玉佛的式样，采用加拿大青玉，运往中国北京雕刻，成为目前在清莱玉佛寺的佛像。