澎湖的马公机场位于马公本岛的东面，是一个国际机场。目前台湾本岛与澎湖间开通了台北、嘉义、台中、高雄、台南的往返航线，每天均有航班，交通十分便利。此外，澎湖与金门间亦开通了航线，每周三班往返，为岛屿串玩的旅行者提供了便利，这是金澎间唯一的直达交通，也是持有“离岛入台证”的海西地区居民前往澎湖游览最可行的方式。此外，厦门、武汉、长沙、青岛均开通了直飞马公的包机，但每个月只有3-4班，均固定时间，具体时刻表查询马公航空站，确认日期后可能可以在大陆的正常订票网站购买。但最方便的形式仍然是先到台湾本岛，再转机马公。

航班信息、机场交通信息查询：www.mkport.gov.tw(需翻墙)

台湾岛内机票预订(需提供台湾通行证号)：www.ezfly.com(预订需VISA或MASTER国际信用卡)或各大航空公司官网

此外，德安航空开通了高雄直航七美岛、望安岛的航线，可以直接由高雄乘坐17人座超小型飞机至澎湖南海的两个小离岛。