它是天主教在马耳他的主教堂之一，也是瓦莱塔的地标。它于1573年至1578年由马耳他骑士团修建，19世纪初获得与姆迪娜总主教堂同等地位。从外部看，其土黄色的墙面并不显眼，但其内部装饰大量运用了华丽的巴洛克风格，包括交错雕刻的石墙，描绘了圣约翰生活场景的拱顶和侧面祭坛。这些都出自骑士普拉蒂之手。而这座教堂也被称为欧洲最漂亮的教堂之一。主教堂内共有8个小堂，供奉了骑士团8个部分的主保圣人。其中盎格鲁-巴伐利亚小堂保存了骑士团获得的圣物。教堂中最有名的艺术品是卡拉瓦乔的《圣若望被斩首》。建都大团长Valette和其他骑士团成员也埋葬在这座教堂里。

圣约翰大教堂内部的巴罗克式装饰令人赞叹。里面有一座大教堂博物馆(Cathedral Museum)，陈列着意大利画家卡拉瓦乔(Caravaggio)的2幅重要作品。