波士顿地铁四通八达，在市内随处可见“T”的标志，此标志即为地铁车站的入口处。地铁全称“Massachusetts Bay Transit Authority”，隶属马萨诸塞州海湾交通局，简称“MBTA”，或者直接说“T”。整套地铁线路共有5条不同颜色的线路，分别为蓝线、橙线、红线、绿线以及银线，除银线外的线路在市中心附近两两相交，形成一个巨型的“井”字，乘客换乘十分方便。地铁统一票价为2.65美元，不同线路间站内无限制换乘。
需要注意的是，绿线共有4条支线。B线和D线从Government Center站始发，C线从North Station始发，E线从Lechmere站始发。到了市中心的Copley站后就按4个不同的方向再分为B线、C线、D线和E线，乘坐时要注意目的地。蓝线则行走于波士顿湾地附近，可从机场通往市区。银线大多是地上交通，是以连接各个站点和重要交通枢纽（如码头、机场等）为主的巴士Shuttle。
MBTA也提供巴士服务，可到达市内各处和郊外，非常便捷。公交车车站的标志是小“T”，每一路公交车的行车路线以及具体时刻表都可在较大的地铁站或是车上查询到，部分临街小站的站牌上也有时刻表和行车路线。公交车单程票价为2.1美元，使用Charlie Card为1.6美元，如需投币一定要记得自备零钱。