十九世纪初，塞尔维亚人实在不堪忍受土耳其人的暴政，各地发生了多次不同规模的武装起义。1809年，大约有一万六千名参加的起义，发生在尼什市，将领名叫辛杰利奇。

决战中，土耳其派出了四万名人的军队来镇压，战况自然十分惨烈，起义军大约牺牲了四千人，而土耳其人则有大约一万人阵亡。最终，由于实力悬殊太大，起义失败，辛杰利奇本人也不幸身负重伤，最后阵亡。土耳其军队虽然取得了胜利，损失也很惨重，军队指挥官恼羞成怒，命令将所有阵亡的起义军将士的头颅砍下来，从尸体上剥下人皮，里面填充上棉花，将一个个“棉花人”带回土耳其向政府邀赏炫耀。同时，土耳其人将砍下的头骨的一部分筑进一个由沙子和石灰建城的塔上，其中而辛杰利奇的头骨被放到了最高处—土耳其人几乎要穷尽一切手段，来炫耀自己的胜利。

土耳其人的骷髅塔建成后，放在露天野外，没有任何遮盖。后来，阵亡的塞尔维亚人的亲属，偷偷滴将自己亲人的头骨从塔上偷走，重新埋葬。渐渐的，这塔上的骷髅也就越来越少了。后来，土耳其人还想将这座骷髅塔拿回去，但塞尔维亚人坚决表示不同意。

到1878年，塞尔维亚从土耳其人手中独立后，只剩下了58颗人头骨，于是政府决定在塔在外面加盖教堂式的建筑来保护，既是一种对人民的爱国主义教育基地，同时也根据宗教，让这些英雄的渴望自由的塞尔维亚人的灵魂得到安息—建筑的上方，还是放置了一个十字架。