教堂高22米，宽10米，全部用红砖砌成，仅教堂外墙就用了33种不同形状的砖。整个教堂布局均匀，色调和谐，像由线条和角塔构成的绚丽多资的图案。据说，拿破仑东征时路过此地，被圣安娜教堂的精美所吸引，曾想将它“放在手掌中带回巴黎”。结构复杂，顶端有主塔，又有若干个小捧护，如众星捧月，极为壮观。维尔纽斯教堂林立，若要选出几处不容错过的，那“小而美”的圣安妮教堂一定位居前三。不同于维尔纽斯老城主流的大理石巴洛克风，圣安妮教堂是全立陶宛为数不多的全红砖结构教堂，也是哥特式风格的杰作。教堂最初为木制结构，不过已经在1419年被摧毁了，现在我们看到的红砖结构是在1495-1500年间重建的。自那以后，即使是维尔纽斯大教堂，都经历了数次重建和扩建，而在过去500多年来，圣安妮教堂的外部结构没有经过任何变动，保持了历史的原样。