京都市内主要的运行路线有JR嵯峨野线、JR奈良线，各线换乘站台位于京都站的中心区域。JR嵯峨野线开往二条城、岚山、嵯峨野方向，JR奈良线开往伏见、宇治、奈良方向。列车根据行车方向设有普通、指定座席、快速、急行、特急等车次，中途停车也各有不同。车票价格与各大城市基本一致。

往返东京：东京和京都由JR东海道新干线相互连接。乘坐希望号(のぞみ，NOZOMI)列车车程约2小时20分钟，单程票价13080円。乘坐光速号(ひかり，HIKARI)列车约2小时45分钟，单程票价13080円。乘回声号(こだま，KODAMA)列车则需要大约4小时，单程票价13080円。有时购买新干线的往返票会比分别购买单程的价格便宜。新干线乘车站口位于京都站的八条口和中央口。

往返大阪：从大阪市的新大阪站可以乘坐JR东海道新干线希望号(のぞみ，NOZOMI)前往京都站，车程14分钟，票价1420円。从大阪站可以乘坐JR京都线(又名“东海道本线”)前往京都站，列车分为新快速、快速、普通三种，单程票价560円，新快速列车车程只需约30分钟，快速列车约45分钟，普通列车约1小时。