着名的三窗庙是马丘比丘最重要的圣地，一堵巨大石墙上三个窗口正对着安第斯山脉的层峦迭嶂，据说印加王朝的创始人就在那里出现。据推测三窗庙可能没有屋顶，以便祭司随时可以观测星象。这座神庙当初的功用是什么已无人知道，神庙的三个梯形窗很能表现印加石匠精湛的石雕功力，窗子外不远处有一块矩形石条，推测曾用作观察太阳，或举行宗教仪式时使用；在过去的太阳祭典中，三窗庙可能扮演重要的角色。在马丘比丘最壮观的是就是那一望无际的梯田，这里已不再适合人居住，而羊驼的踪迹却随处可见，几百年前这裡的农业该是何等的兴盛，随着印加文明的失落，这里的一切在真实中存在更多无法理解与令人匪夷所思的问题。

庙如其名，马丘比丘三窗庙有三个窗口，可以眺望中心广场和远处的群山。证据显示这个庙在马丘比丘被遗弃前并没有被完成。考古学家在寺庙遗址找到一些祭奠仪式常用的器皿，由此推测这个庙被用作一些正规的仪式。