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伊基托斯市内有很多中巴和小巴被作为公共汽车使用,还有一些出租车。而随处可见的载客三轮摩托车也是方便且便宜的出行交通工具。伊基托斯只有一条公路通向城外南部的瑙塔(Nauta)港口,每天有中巴发往那里。
伊基托斯国际机场(Aeropuerto Internacional Coronel FAP Francisco Secada Vignetta ,IATA: IQT)位于城市西南郊,有每日发往利马的航班,定期发往塔拉波托(Tarapoto),普卡尔帕(Pucallpa)的国内航班。除此之外还有发往哥伦比亚,美国等地的季节性航班。
伊基托斯水运发达,有发往秘鲁和巴西,哥伦比亚交接的圣罗莎(Santa Rosa)的客运内河船舶,可从那里换成其它船去巴西的玛瑙斯(Manaus),还有发往普卡尔帕(Pucallpa)等地的客运内河船舶。