波士顿南站位于波士顿市中心的大西洋大道（Atlantic Avenue）和夏季街（Summer Street），是大波士顿地区最大的火车站和长途汽车站，连接波士顿与普罗维顿斯、纽黑文和纽约市。
美铁（Amtrak）提供Acela特快高速火车和东北部短途火车，还有到纽约州奥尔巴尼的日常Amtrak火车，并延伸至芝加哥。节假日和旅游旺季票价普遍偏高，可提前11个月在网上订票。18岁以上的成年人需时刻携带Photo ID（包括护照、驾照等）以备检查，无成人陪同的16-17岁青少年必须在购票时携带Photo ID，才能获得旅行证件、办理行李托运。
火车价格较贵，从波士顿前往纽约大约70-100美元，相比之下汽车只需要10-40美元。长途汽车站在南站2层，共有灰狗（Greyhound Lines）、Peter Pan Bus Lines、Vermont Transit Lines、Plymouth & Brockton Buses、Concord Trail ways、Concord Coach Line等多家巴士服务，可前往波士顿近郊以及其他城市和地区。订票需要到各家运输公司的官方网站，或直接到南站后在柜台购买。