1548年，弗莱•弗朗西斯科•德•莫拉莱斯（Francisco de los Angeles Morales）主持修建圣弗朗西斯科修道院，整体工程于次年启动并于1581年完工。1610年，修道院受雪灾影响坍塌，重建工程于1743年至1753年间完成。教堂外墙和内部装饰是西班牙巴洛克艺术和本土艺术的结合。1790年，教堂外墙主门装饰雕刻完毕，至今仍能看到当时工匠雕刻的一些有趣的元素，如南美特色的水果——南美荔枝（Chirimoya）。在主门上方修砌的石柱象征着拉巴斯三大重要文化：蒂亚瓦纳科文化、印加文化和现代文化。这座教堂另外的特别之处在于它只有一座钟楼，有别于多数教堂双钟楼的惯例。

教堂内部朴素、肃穆。教堂博物馆中有许多精美的宗教题材油画作品和珍贵的历史文物，来这里参观是了解拉巴斯历史和艺术脉络的最佳选择。教堂门前的圣弗朗西斯科广场（Plaza San Francisco）是拉巴斯重要的示威抗议集会场所，来此地游览如遇示威活动，建议远离，不要驻足围观，避免不必要的麻烦和危险。