这座教堂的地下墓穴中长眠着哈布斯堡家族143名皇家成员，包括12位皇帝、18位皇后和113位其他家族成员。作为欧洲最重要的皇室之一，哈布斯堡家族在15世纪到18世纪期间统治了欧洲大部分地区，直到第一次世界大战开始。皇室成员特别是皇帝或皇后的葬礼和遗体保存都是当时社会上举足轻重的大事，许多人的遗体会分三处保存——身体存放在棺椁中，心脏放进银瓮，其他内脏放进圣物盒，然后分别放在不同的神圣墓穴中。这里可以看到104个金属石棺和5个盛放心脏的容器，它们的风格各有不同，既有清教徒式的朴素类型，也有奢华的洛可可式。

在这座皇家墓穴中有105座石棺，其中最精美、最宏伟的棺椁属于玛丽亚·特蕾莎以及她的丈夫弗郎茨·史蒂芬。另外还可以找到伊丽莎白皇后也就是茜茜公主的棺椁。她的棺椁安放在她丈夫弗兰茨·约瑟夫皇帝的棺椁旁，另一侧则是他们的儿子鲁道夫的棺椁。