所谓的柱状玄武岩是指熔岩流爆发后遇到海水快速冷却收缩凝固成六角状的玄武岩，这种地形在澎湖非常容易看见，最有名气的就是桶盘屿的柱状玄武岩，其实在大菓叶海边也有一大片这样的柱状玄武岩，颜色较黄，但因为长年覆盖于表土下，所以节理保持得相当完整。
大菓叶柱状玄武岩被发现的过程非常特殊，日治时期为了联络西屿跟马公间的海上交通，所以决定在大菓叶海边辟建码头，设交通船往返西屿和马公之间，当时就在柱状玄武岩所在的位置开挖石块泥土去填海造港，才意外地让这片沈睡千年的柱状玄武岩露脸。
大菓叶港目前只有少数的船在进港。
澎湖人的小故事：
大菓叶码头建好后，影响最深的莫过于二崁聚落，早期二崁聚落尚有300余人的村民，虽则生活清苦，但因也苦无出外谋生的管道，而继续在二崁务农或从事近海渔业活动。但是大菓叶港建造完成后，许多二崁人开始从二崁村步行到大菓叶港，然后搭船到马公去工作，往往一出外谋生最后都没再回到二崁，二崁从此便快速没落。