皇帝的清真寺是萨拉热窝最古老的清真寺，也是Bosnia和Herzegovina最古老的清真寺之一。据推测伊莎贝伊萨科维奇萨拉热窝的创立者在1462成立后不久就建立了这个敬拜地，以纪念Sultan Mehmed II“征服者”。

萨拉热窝于1480被暴君King Matija Korvina的匈牙利军队领袖瓦格格鲁维奇袭击。清真寺遭受了巨大的破坏，在Sultan Suleiman大帝统治期间进行了全面重建，当时清真寺采用了现在的形式。

在奥匈帝国统治期间，一些邻近的建筑物被拆毁，一座新的建筑物被建造起来，它将容纳Reis ul Ulema和Herzegovina Bosnia伊斯兰社区大穆提的办公室。

在清真寺后面有一座墓地，那里有著名的萨拉热文人被埋葬，比如酋长Ibrahim Bistrigija，Mula Muhamed Emin和波斯尼亚穆哈菲兹，Abdulah Pasha。人们相信它也包含了伊莎贝克的坟墓。