位于紧邻函馆市的北斗市中心，前身为始建于1902年的渡岛大野站，属函馆本线，作为北海道新干线目前的始发站，可由此乘车南下，直达位于青森的新青森站，并可继续南下进入东北新干线，一路直抵盛冈、仙台、福岛、宇都宫和东京等地。新函馆北斗站与位于函馆市中心的JR函馆站之间通过“函馆快线（はこだてライナー）”列车进行接驳，由函馆站出发乘坐“函馆快线”，约20分钟即可到达新函馆北斗站，从而实现与北海道新干线的无缝换乘。

围绕新函馆北斗站的命名，还有过一段争议，在北海道新干线施工期间，先期对于车站的暂定名称为“新函馆站”，但得到了所在地北斗市的激烈反对，北斗市则主张命名为“北斗站”，但函馆市同样进行了抗议，随后，两方相继提出了“北斗函馆站”、“新函馆站”、“新函馆北斗站”的提案进行审议，但均无结果，最终，通过层层斡旋与调解，经过一年多的拉锯战，双方终于同意将名称正式定为“新函馆北斗站”，从而为这场站名之争画上了句号。