马公本岛与北海、南海诸岛的交通主要靠轮渡。北海系统包括吉贝屿、鸟屿、员贝屿等，由赤坎码头可搭乘游艇至吉贝屿，旺季时一天3至4船班，来回250元新台币/人。至东海的鸟屿、员贝屿等则由岐头码头发出，可至岐头码头直接购票或是加入游艇业者的套装行程，套装行程一般将临近的几个岛屿串联起来一起玩。

南海系统包括七美、望安、虎井、桶盘屿等大小20来座岛屿，南海系统所有主要岛屿均可由马公第三渔港搭乘交通船前往，但搭乘交通船行程并不连贯，若是想一天之内将南海的主要岛屿(七美、望安、虎井)玩透，最好的办法便是参加马公市内的旅行团套餐。台湾的旅行团与大陆的并不一样，除了包含往返各个岛屿间的交通船费外，门票、午餐以及岛上的接驳车均为自费项目，游客可自主选择。最为重要的一点是，全程不进任何购物店。团体费用大约800元新台币/人，在马公市区内任意一家旅行社门店均可办理。