建于1948年的圣地亚哥海事博物馆是世界上藏有航海船只的最大博物馆之一，藏船品种有帆船、蒸汽船和潜水艇等。镇馆之宝“印度之星”于1863年造于英属马恩岛，曾在大英帝国、印度与新西兰等航线上行驶，是现存铁铸商船中仍可正常出海和漂浮的最老船只。这里的HMSSurprise是1970年的英国皇家海军护卫舰的复制品，在2003年《怒海争锋：极地征伐》与2011年《加勒比海盗4：惊涛怪浪》两部电影中均有参演；1914领航艇每天会进行5次，每次45分钟的港湾历史漫游；飞舟则会在周末时进行两次75分钟的有关圣迭戈军事历史的游览。
圣地亚哥海事博物馆还有一艘苏联的641型潜艇（狐步级，简称：F级），舷号B-39。这是苏联海军大型常规动力潜艇，是二战后苏联第二代常规动力潜艇。1962年10月，古巴危机期间，苏联派出四艘641型潜艇前往古巴地区，分别是B-4，B-36，B-59以及B-130，这些潜艇装备了拥有核弹头的鱼雷。但这四艘潜艇先后被美国海军反潜兵力发现被迫上浮，直到1963年前夕才放回到苏联 。 B-59艇的艇长在被迫上浮时要发射原子弹，但被艇上的支队参谋长海军中校阿尔希波夫制止。641型潜艇没有发射核弹头的鱼雷，使当时的美苏避免了一场核战争的危险，美方高度评价了阿尔希波夫。 海事博物馆的这膄641型潜艇是苏联解体后，当废铁卖给美国商人的。请在参观前于网上查询每艘舰船的参展情况。